《南部檔案》的故事發生在民國時期的南洋與廈城一帶。張海鹽和張海蝦是南部檔案館的年輕探員，他們受命追查一連串無法用常理解釋的案件。從峇來神像、鹽鹼湖死亡事件到張瑞樸失踪，最初看似邪神傳說的線索，逐漸牽出財寶、古文字、地下祖庭和被刻意隱藏的檔案館秘密。
隨著調查深入，張海鹽和張海蝦登上南安號，發現這艘客輪並非普通交通工具，而是圍繞著黃昏草案布下的獵場。軍閥勢力、偽裝身分、檔案館叛徒和殺手組織在船上交錯出現，師兄弟一邊逃避追殺，一邊尋找幕後真相。張海琪、董小姐、何剪西等人物相繼捲入，讓南部檔案館的舊事與現實陰謀不斷重疊。
劇集的主線不只是一次探案，也是一場關於身分、責任和犧牲的追尋。張海鹽從輕佻機敏的探員，被迫面對同伴生死、檔案館覆滅和自己當年無意間埋下的禍根；張海蝦則以冷靜和默契不斷為師弟留下線索。兩人在危局中互相支撐，也一步步走向南部檔案館更深層的秘密。
後續故事從南安號延伸到廈城舊宅、海利銀行和檔案館地下機關。黃昏草、假死藥、牆縫入口、深海藥材等設定，把民國懸疑、探險奇觀和張家秘密結合在一起。張海鹽為了救張海蝦深入檔案館核心，也逐漸明白南部檔案館並非單純辦案機構，而是與張家血脈、南洋異聞和一代代探員使命緊密相連的隱秘系統。
《南部檔案》以冒險懸疑為底色，透過張海鹽、張海蝦和張海琪之間的師門關係，串起軍閥陰謀、檔案館舊案和南洋秘聞。故事在離奇案件和動作追逃之外，更強調探員之間的信任、愧疚與守護，讓一場追查黃昏草的行動，逐漸變成尋找檔案館真相與重新承擔使命的旅程。
《南部檔案》根據南派三叔同名小說改編，是一部民國探險懸疑劇。劇集以南部檔案館探員張海鹽、張海蝦的調查行動為主線，將南洋異聞、軍閥陰謀、檔案館舊案和張家秘密交織在一起。
故事主要圍繞在黃昏草案、南安號追殺、廈城檔案館舊址和地下機關展開，既有懸疑探案，也有兄弟情義和師門秘密。資料頁劇情介紹已按整劇口吻整理，適合用於了解全劇主線與人物關係。
